在基因组学领域，寻找不同物种或个体基因组序列的异同点是一个非常重要的任务。为了完成这个任务，我们需要将新的序列与已知的参考序列进行比对，以确定它们之间的相似性和不同点。现在有许多比对工具可供使用，其中一个非常流行的工具是BLAST。
BLAST是基于序列相似性的比对算法，是“基于局部相似性的序列比对程序”的缩写。BLAST可以帮助研究人员找到两个或多个相似序列之间的匹配，大大加快了相似性匹配的速度。BLAST具有高精度，高速度和易于使用的特点，使其成为生物信息学研究中最流行的比对工具之一。
BLAST使用的方法是建立一个查询序列和一个参考序列数据库。在BLAST中，参考序列对应的数据库中已经编入了许多的序列数据，这些数据都是已知且可靠的。通过将待查询的序列与参考序列数据库逐一比对，BLAST可以在最短时间内找到指定序列的最佳匹配。BLAST能快速找到匹配结果的原因是它使用了快速搜索算法和不同的策略来减少搜索时间和提高准确性。BLAST还提供了多种比对参数，如匹配分数，不匹配处的罚分和开放罚分等等，这些参数可以轻松地调整以提高比对的准确性。
使用BLAST时需要输入待比对的序列和参考序列数据库，BLAST会自动执行相似性搜索，然后输出与待查询序列最匹配的序列、相似性得分和匹配位置等等信息。BLAST输出的匹配结果通常以E值或E-score来反映匹配的显著性。E值越小意味着匹配越显著，一般情况下小于0.01的E值都可以认为是较为靠谱的匹配结果。
BLAST的广泛应用在许多生物学领域中。例如，在人类基因组研究中，BLAST可用于寻找引物和探针，确定已知的基因和未知序列之间的相似性，以及在全基因组水平上进行序列比对等等。在微生物学中，BLAST可以用于判定差异菌株之间的相异性，寻找有害微生物的共有序列，以及识别微生物毒素等。BLAST在生物信息学研究中的作用经常被强调，成为了许多生物信息学分析流程的组成部分。
总之，BLAST是一个非常重要的基因组序列比对工具。它能快速准确地寻找指定序列在参考序列数据库中的最佳匹配，大大降低了程序设计和数据处理的时间成本。BLAST的广泛应用也表明它的技术优势和应用价值。
